El Centro Educativo Católico Nuestra Señora de Sion fundamenta el sistema educativo utilizado en tres principios:
Humanista: Opta por la plena realización de la persona menor de edad, reconociéndola como sujeto con dignidad y valor llamada y llamado a procurar su perfección mediante la aceptación de los valores cristianos.
Racional: Reconoce que la persona menor de edad es creada a imagen y semejanza de Dios, dotada de capacidad racional que le permite entrar en interacción con cuanto la y lo rodea, imprimiéndole su sello de humanidad y originalidad.
Cristiano: Se fundamenta en la visión cristiana del mundo que se concretiza en una relación fraterna de reciprocidad con las hermanas y hermanos sin ningún tipo de discriminación. Se trabaja en la asimilación crítica del saber y la cultura.